新的强基计划鼓励支持高校对通过强基计划录取的学生单独编班，实行导师制、小班化培养，并与原有的基础学科拔尖学生培养计划统筹考虑，探索建立本-硕-博衔接的培养模式；同时也鼓励国家重点实验室、前沿科学中心等国家重点技术攻关单位吸纳这些学生参与实际项目研究，探索建立一种结合重大科研任务的人才培养机制。